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广东省微生物研究所前身为中科院中南真菌研究室，于1964年5月19日经国家科委批准成立，1972年改为现名，隶属于广东省科学院。拥有2013年5月获批的省部共建华南应用微生物国家重点实验室、1987开始建设并运行的广东省菌种保藏与应用重点实验室和2005年建设的广东省微生物应用新技术公共实验室；依托该所的广东省食品安全检测与评价科技创新平台已经搭建；在广东省材料检测与评价科技创新平台中建设的生态毒理和生物安全评价实验室已经完成全部建设内容并投入运营；广州国家生物产业基地生物新技术及产品研究开发和测试公共实验中心已获国家发改委立项支持，并于2011年完成验收投入使用。广东省微生物学会、广东省食用菌行业协会、广东省生物技术生产力促进中心、广东省食用菌产品质量监督检验站均挂靠该所。研究所的重点科研领域为微生物资源多样性与前期开发、微生物生态与环境污染控制、微生物危害及其检测与控制、微生物分子育种及生物转化、食药用菌生物技术与人类健康五个方面。目前所内已形成资源微生物学、环境微生物学、分析微生物学和霉腐微生物学等四个优势学科，具有博士研究生和硕士研究生培养能力，2010年获人力资源和社会保障部批准建设博士后科研工作站。广东省微生物研究所的科技业务工作主要有科技创新、行业共性关键技术及科技服务和成果转移与转化三个方面，其中科技创新主要依托省部共建华南应用微生物国家重点实验室、广东省菌种保藏与应用重点实验室和广东省微生物应用新技术公共实验室；行业共性关键技术及科技服务主要依托广东省微生物分析检测中心、广东省食用菌产品质量监督检验站和国家广州化学品生态环境安全评价服务中心；成果转移与转化载体主要依托广州国家生物产业基地生物新技术及产品研究开发和测试公共实验中心以及食用菌研究发展中心、微生物检测新技术研究发展中心、微生物工程研究发展中心及环境微生物研究发展中心等四个科研、开发、推广应用一体化的研究发展中心。依托于我所的广东省菌种保藏与应用重点实验室在2000年、2003年、2006年和2010年连续四次被评为广东省优秀重点实验室；广东省微生物应用新技术公共实验室2008年以优异成绩通过广东省科技厅的验收；在广东省菌种保藏与应用重点实验室和广东省微生物应用新技术公共实验室的基础上组建的广东省华南应用微生物重点实验室2009年获科技部批准组建省部共建国家重点实验室培育基地，2012年4月通过科技部组织的专家验收，2013年3月通过科技部组织的专家论证，成功晋升为省部共建华南应用微生物国家重点实验室。目前实验室拥有实验面积4750平方米，包括公共实验室、大型仪器室、华南微生物资源中心（包括标本库和菌种保藏中心）、环境微生物实验室、微生物检测与控制实验室、霉腐微生物实验室、食药用菌生理功能及分子机理实验室、工业化前期实验室等；拥有各类仪器设备236台套，仪器设备原值3680万元，其中30万元以上设备36台套，包括流式细胞仪、透射电子显微镜、扫描电子显微镜、激光共聚焦显微镜、全自动发酵罐、凝胶成像仪、各类PCR仪、超高效液相色谱仪、微生物电解呼吸仪、质谱联用仪、气相色谱仪、电感耦合等离子体质谱仪、高性能三重串联四级杆液质联用系统、石墨炉原子吸收光谱仪、高速冷冻离心机、全自动微生物鉴定系统等，以上设备大部分是2008年以来购置，整体仪器设备达到国际先进水平，以上实验室及设备完全具备了分子水平、细胞水平及基因水平的研究要求。建所以来，在科研项目方面，先后承担了国家973计划项目、国家“863”计划项目、国家重大科技攻关项目、国家科技支撑项目、国家自然科学基金项目、农科成果转化项目、国家科技型中小型企业技术创新基金项目、国家生物高新技术产业化示范工程项目、广东省教育部产学研项目、粤港招标项目和省基金团队项目、省科技创新百项工程项目、省自然科学基金项目、省重大重点科技攻关项目及科技援藏项目、广州市重大重点科技项目等重大重点科技项目；在标准制定方面，主持和参与七十多个国家、行业和地方标准制修订项目；在科技成果方面，共取得科技创新成果142项，其中国际先进、领先水平的60项；获得国家及省部级成果奖108项，其中国家级成果奖6项、省部级一等奖12项；在专利申请方面，共申请专利287件，其中发明专利272件，授权专利162件，其中发明专利147件。在国内外核心学术刊物发表论文1800多篇，出版科技专著36部。