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为贯彻落实习近平总书记关于“把论文写在祖国的大地上，把科技成果应用在实现现代化的伟大事业中”的指示精神，充分发挥各方优势，加快推进合肥综合性国家科学中心和北航世界一流大学建设，2016年7月25日，北航与安徽省政府、合肥市政府分别签署全面战略合作协议，深化校地合作，北航合肥创新研究院应运而生。研究院于2017年5月24日注册成立，由北航与合肥新站高新区共同举办，为合肥市属二类事业单位，2017年7月24日正式启动运行。 2023年1月4日，北航与合肥市政府签署二期合作协议，深度共建北航合肥创新研究院，重点围绕电磁兼容、集成电路、无人驾驶和空天技术等方向，建设助推地方产业转型升级的中试基地、北航科研成果转移转化的示范基地和地方产业急需应用人才的培训基地，打造高端人才引育平台和高能级共享应用平台。近年来，在校地双方的大力支持下，研究院先后获批安徽省院士工作站、高水平新型研发机构、博士后科研工作站、工程实验室、重点实验室、合肥市工程技术研究中心等平台；建立了近300人的科研人才队伍，其中专职科研人员近百人；招收200余名合肥专项研究生；发表科研学术论文200余篇，申请专利近300余项；引育30余家科技型企业；围绕地方产业经济发展需要，探索建立了以企业需求为导向的产学研精准合作模式，先后与百余家科技型企业签订了产学研合作协议。