2013年3月28日，秦淮、白下两区合并后，区国资经营中心根据区委区政府对两区国有资产整合、进一步做大做优做强的相关要求，对区属国有资产进行重组。2013年9月18日南京市秦淮国资控股集团有限公司（以下简称：国资集团公司）注册成立，同年12月12日南京市秦淮国资控股集团（以下简称：国资集团）正式成立，形成了国资集团公司、南京市秦淮区国有资产经营中心、南京市白下国有资产经营中心三块牌子一套班子的工作架构。母公司南京市秦淮国资控股集团有限公司由秦淮区政府出资设立，是由区国资办履行出资人职责的国有独资公司。

国资集团公司注册资本18.8亿元，实收资本18.8亿元，注册住所为南京市秦淮区马道街9号（实际经营地址为秦淮区科巷10号），法定代表人陈绪胜。公司经营范围包括：对所属企业及合资、控股、参股企业的国有资产实行产权管理和经营；对委托占有国有资产的集体企业收取资产占用费；对直接投资、参股企业收取投资收益；产权交易等业务；物业管理。

国资集团主要职能：一是实现区委区政府战略意图的产业投资平台，二是服务各功能板块的融资管理平台，三是推动国企改革重组、实现国有资本有序进退和资产统一集中管理的资产运作平台，四是实现国有资产资本化、资本证券化的培育推进平台，五是监控出资企业财务运作状况的网络管理平台，六是市政建设及老旧小区出新及物业托底管理平台，七是全区教育后勤改革实施平台，八是招商引资平台。

集团出资文旅集团、明商集团、壹城集团、历保集团、科创集团、老城南集团、越城集团、安城集团等8家区属国企集团。南京白房房屋报修服务中心、南京铂鑫资产经营管理有限公司、南京大禾园林科技有限公司、南京恒兆物业管理有限公司、南京兆业投资咨询管理有限公司等5家企业为集团公司直属企业。

集团本部内设办公室、融资管理部、投资发展部、财务审计部、综合管理部、党群人资部、资产管理部等7个部门，并设有委派财务总监领导小组办公室。